根据《国家税务总局关于修订发布 的公告》(2022年第7号)第二十一条第二款：“纳税人通过填写电子或者纸质《扣除信息表》直接报送扣缴义务人的，扣缴义务人将相关信息导入或者录入扣缴端软件，并在次月办理扣缴申报时提交给主管税务机关。《扣除信息表》应当一式两份，纳税人和扣缴义务人签字 (章)后分别留存备查。”
企业需要留存员工个人所得税专项扣除的部分资料。
根据《国家税务总局关于修订发布 <个人所得税专项附加扣除操作办法 (试行)> 的公告》(2022 年第 7 号) 规定，纳税人通过填写电子或者纸质《扣除信息表》直接报送扣缴义务人的，扣缴义务人将相关信息导入或者录入扣缴端软件，并在次月办理扣缴申报时提交给主管税务机关。《扣除信息表》应当一式两份，纳税人和扣缴义务人签字 (章) 后分别留存备查。也就是说，企业要留存经员工签字确认并加盖企业公章（或财务章等有效印章）的《扣除信息表》。至于员工办理专项附加扣除的其他有关资料，则由员工本人留存备查。
企业留存这些资料一方面是为了满足税务机关的管理要求，便于税务检查和核实；另一方面也是为了在可能出现的税务争议或审计等情况下，能够提供相关的证据材料，证明企业在个人所得税专项扣除方面的操作是合规的6。企业应按照规定妥善保管这些留存资料，保管期限通常自预扣预缴年度的次年起留存五年。
