根据《财政部 税务总局关于进一步加大增值税期末留抵退税政策实施力度的公告》(财政部 税务总局公告2022年第14号 )九、纳税人出口货物劳务、发生跨境应税行为，适用免抵退税办法的，应先办理免抵退税。免抵退税办理完毕后，仍符合本公告规定条件的，可以申请退还留抵税额;适用免退税办法的，相关进项税额不得用于退还留抵税额。
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十六、本公告自2022年4月1日施行。
如果企业同时适用免抵退税和留抵退税，应先办理免抵退税，免抵退税办理完毕后，仍符合留抵退税条件的，再办理留抵退税。主要原因如下：
- 退税办理时效不同：出口 “免抵退税” 按规定可以一月一申请办理，以鼓励出口和加快退税办理时效。而留抵退税，部分纳税人符合规定条件可以按月申请办理，部分纳税人符合规定条件则需要等 6 个月才能申请办理一次。所以每月先按照规定办理完免抵退税后，再参照相关规定办理留抵退税。
- 进项税额清分要求：适用免抵退税办法且退税率小于适用税率时，在办理出口退税时，需要计算当期 “不得免征和抵扣的进项税额”，并在办理退税的当期做进项税转出处理。因此，办理免抵退税之前，需要先清分出口货物或服务对应的不得抵扣的进项税额，这决定了必须先办理 “免抵退税”。
- 税额计算和比较的需要：办理免抵退税前，要比较计算出来的 “免抵退税额” 和办理退税当期期末留抵税额的大小。如果当期期末留抵税额≤当期免抵退税额，则当期应退税额 = 当期期末留抵税额，当期免抵税额 = 当期免抵退税额 - 当期应退税额；如果当期期末留抵税额 > 当期免抵退税额，则当期应退税额 = 当期免抵退税额，当期免抵税额 = 0。只有在完成这些步骤后，才可能对尚未退还的期末留抵税额申请办理留抵退税。
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