根据《财政部 国家税务总局关于生产企业出口货物实行免抵退税办法后有关城市维护建设税教育费附加政策的通知》（财税[2005]25号）一、经国家税务局正式审核批准的当期免抵的增值税税额应纳入城市维护建设税和教育费附加的计征范围，分别按规定的税（费）率征收城市维护建设税和教育费附加。
免抵税额是出口退税部分抵了内销部分的增值税，是用应退抵掉了应交，但内销部分的增值税应交的城建税就无法抵掉了，所以免抵部分税额需要缴纳城建税。
免抵税额需要缴纳城建税和教育费附加，主要基于以下几方面原因：
从税收原理角度
- 体现受益原则：城市维护建设税（简称 “城建税”）和教育费附加是以纳税人实际缴纳的增值税、消费税税额为计税依据征收的附加税费。企业在生产经营过程中享受了当地城市基础设施建设、教育等公共服务带来的便利，这些公共服务为企业的运营创造了良好环境，有利于企业实现销售等经营活动从而产生免抵税额，所以按照受益程度相应缴纳城建税和教育费附加，以保障地方财政有资金用于持续提供和完善这些公共服务。
从税负公平角度
- 与内销业务税负平衡：在出口退税业务中有免抵退税的计算方法。对于生产企业出口自产货物和视同自产货物及对外提供加工修理修配劳务，采用免抵退税办法。当存在免抵税额时，如果不对其征收城建税和教育费附加，而只对企业内销业务实际缴纳的增值税对应的征收这些附加税费，那么就会使企业在整体税负上出现不平衡的情况。例如，一家企业既有内销又有出口业务，出口业务产生了免抵税额却不缴纳附加税费，相比单纯只有内销业务缴纳足额附加税费的企业，在承担地方税费负担上就会不公平，所以要对免抵税额征收城建税和教育费附加来维持税负公平。
从政策衔接角度
- 完善出口退税政策体系：在整个出口退税制度体系不断完善的过程中，规定对免抵税额征收城建税和教育费附加，能够更好地将出口业务与国内税收征管体系在附加税费征收环节上进行衔接，使税收政策更加完整、协调，确保地方政府能够通过合理的税费征收来维持地方公共事业的资金投入，保障地方经济社会发展与企业经营活动之间形成良性互动。
综上所述，对免抵税额征收城建税和教育费附加是合理且必要的，有助于实现税收公平、完善税收政策体系以及保障地方公共服务的资金供给。
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