根据《国家税务总局关于发布 的公告》（2018年第60号）第二十条规定，纳税人通过填写电子或者纸质《扣除信息表》直接报送扣缴义务人的，扣缴义务人将相关信息导入或者录入扣缴端软件，并在次月办理扣缴申报时提交给主管税务机关。《扣除信息表》应当一式两份，纳税人和扣缴义务人签字（章）后分别留存备查。纳税人办理专项附加扣除的其他有关资料，由纳税人留存备查。
根据《国家税务总局关于修订发布 <个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）> 的公告》（2022 年第 7 号），企业是否要留存员工个人所得税专项附加扣除资料分以下情况：
- 员工通过远程办税端报送：纳税人通过远程办税端选择扣缴义务人并报送专项附加扣除信息的，扣缴义务人根据接收的扣除信息办理扣除，企业通常不需要留存除《扣除信息表》之外的其他专项附加扣除相关资料。
- 员工通过填写电子或纸质《扣除信息表》直接报送：纳税人通过填写电子或者纸质《扣除信息表》直接报送扣缴义务人的，扣缴义务人将相关信息导入或者录入扣缴端软件，并在次月办理扣缴申报时提交给主管税务机关，《扣除信息表》应当一式两份，纳税人和扣缴义务人签字（章）后分别留存备查。
此外，扣缴义务人还需自预扣预缴年度的次年起将纳税人报送给其的《扣除信息表》留存五年。
